Yayasan Pondok Pesantren An-Nur II “Al-Murtadlo” merupakan yayasan yang didirikan oleh KH. M. Badruddin Anwar, dan menaungi seluruh lembaga yang berada di Pondok Pesantren An-Nur II “Al-Murtadlo”.
- Pendiri: Al-Maghfurlah R.K.H. Muhammad Badruddin Anwar
- Ketua: Dr. KH. Fathul Bari, S.S., M.Ag.
- Bendahara: Kiai Husni Mubarok, S.Ag., M.Pd.I.
- Sekertaris dan Auditor: Drs. Gus H. Hairuddin, Ak., M.Si.
- Koordinator Bidang:
| Bidang | Koordinator |
|---|---|
| Pendidikan Diniyah | Kiai Ahmad Zainuddin, Lc., M.M. |
| Pendidikan Formal Dan Kurikulum Sekolah | Ning Hj. Mahsushotul Rohmaniyah, S.Pd.I, S.Pd., M.Pd. |
| Pendidikan Tinggi | Gus Helmi Nawali, S.S., M.Ag. |
| Sumber Daya Guru | 1. Drh. Gus H. Didik Nur Ahsani, M.Pd. |
| 2. Gus Helmi Nawali, S.S., M.Ag. | |
| Pengajian (Kemasyarakatan) | Kiai Achmad Syamsul Arifin, M.Pd.I. |
| Tahfidz & Qari’ | Gus Fazlur Rahman Rahawarin, S.E., M.Akun., M.M. |
| Pembangunan | Kiai Husni Mubarok, S.Ag., M.Pd.I. |
| Keamanan | |
| Gus H. Ahmad Ibrahim Zainul Akbar, S.E. | |
| Kebersihan | Drh. Gus H. Didik Nur Ahsani, M.Pd. |
| Pengairan | Gus Abdul Qodir |
| Pertamanan | Drs. Gus H. Hairuddin, Ak., M.Si. |
| Mini Zoo | Drh. Gus H. Didik Nur Ahsani, M.Pd. |
| Pengajian Kemasyarakatan & Sosmed | Kiai Achmad Syamsul Arifin, M.Pd.I. |
| Humas & Protokoler | Gus H. Ma’ruf Mubarok, S.H. |
| Listrik (PLN) | Gus Abdul Qodir |
| Bpjs Dan Kesehatan | Ning Izzatul Maula |
| Usaha Ponpes | 1. Ning Dra. Hj. Muyassarotun Nuriyah |
| 2. Ning Latifah Nuroniyah |